Le microbiologiste Stanislav Dusko Ehrlich rejoint Nahibu

Le microbiologiste Stanislav Dusko Ehrlich rejoint Nahibu

Nahibu compte parmi son comité scientifique le Directeur de Recherche Emérite de l’INRA, Stanislav Dusko Ehrich.

Nahibu compte parmi son comité scientifique le Directeur de Recherche Émérite de l’INRA, Stanislav Dusko Ehrlich.

Professeur Stanislav Dusko Ehrlich

Stanislav Dusko Ehrlich est le premier scientifique à proposer le séquençage complet du microbiote, en dirigeant le consortium international MetaHIT.  

L’association réalisée entre Nahibu et le Directeur de Recherche Émérite,  a pour ambition de faire avancer la science du microbiote intestinal.

« C’est très excitant de rejoindre Nahibu qui, selon moi, propose ce qu’il y a de meilleur dans l’analyse du microbiote intestinal. Ensemble, nous allons pouvoir conjuguer nos propres forces afin de faire avancer la science du microbiote intestinal et d’en faire bénéficier le plus grand nombre », commente Stanislav Dusko Ehrlich. « Alors que Nahibu s’appuie sur une méthodologie de séquençage haute définition, la plus précise à ce jour, ainsi que sur des outils de pointe, je vais pouvoir apporter ma vision et mes conseils scientifiques à cette société pleine d’avenir ».

Ingénieur en Chimie Organique de l’Université de Zagreb, majeur de sa promotion, et Docteur ès Sciences de l’État en Biochimie à l’Université Paris VII, Stanislav Dusko Ehrlich a fondé et dirigé l’Unité de Génétique Microbienne et la Division de Microbiologie de l’INRA et coordonné le premier grand projet de la Commission Européenne sur le Microbiome, MetaHIT, qui a posé les fondations de la caractérisation actuelle du microbiome. En parallèle, il a cofondé la première start-up dans le domaine de microbiome humain, Enterome, en 2012.

Il a également été associé du Professeur Joshua Lederberg, lauréat du Prix Nobel de médecine, au sein du Département de Génétique de l’École de Médecine de l’Université de Stanford.

Stanislav Dusko Ehrlich est membre de l’Académie Croate de Sciences et Arts, de l’Académie Française d’Agriculture, de l’Organisation Européenne de Biologie Moléculaire (EMBO), de l’Académie Américaine de Microbiologie, de l’Académie Européenne de Microbiologie.

Distinctions :

 Lauréat de l’Excellence de la recherche Agronomique de l’INRA, Lauréat du Grand Prix Scientifique Del Duca de l’Institut de France, Chevalier de l’Ordre du Mérite et de la Légion d’Honneur.

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

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Nahibu : les étapes pour analyser votre échantillon de selles

Nahibu : les étapes pour analyser votre échantillon de selles

Nahibu : les étapes d’analyse de votre échantillon de selles

Comment se passe le test de votre prélèvement ? Nahibu analyse les gènes des bactéries contenues dans votre échantillon de selles, ce qui nécessite plusieurs étapes successives réalisées par des techniciens hautement qualifiés et habitués à ce genre de manipulations. Quelles sont ces différentes étapes et pourquoi mes résultats ne sont-ils pas instantanément chargés sur la plateforme de résultats à réception de mon échantillon ?

Les étapes de l'analyse de votre microbiote intestinal.

1) Réception de votre échantillon de selles

À la réception de l’échantillon par Nahibu, un premier contrôle qualité de ce dernier est effectué.

 Il partira ensuite en séquençage dans notre laboratoire partenaire.

2) L’extraction d’ADN

Ensuite, l’ADN bactérien est extrait dans un laboratoire dédié à cette opération en suivant un protocole délicat. En effet, les manipulations sont effectuées avec un grand soin dans un espace dédié pour ne pas contaminer l’échantillon avec de l’ADN provenant de sources extérieures. Cette étape cruciale nécessite la plus grande précision car elle peut impacter les résultats.

Elle a pour but d’obtenir l’ADN bactérien le plus pur en quantité suffisante pour être séquencé. Le protocole est une succession d’étapes avec différentes solutions et des étapes de centrifugation. A l’issue de l’extraction, un contrôle qualité est à nouveau effectué pour être sûr qu’il y a assez d’ADN pour fournir des résultats fiables.

Etape d'analyse de votre microbiote - Nahibu

3) La préparation des librairies d’ADN

L’ADN ne peut pas être séquencé tel quel. Il est donc fragmenté et des librairies d’ADN sont préparées (une librairie pour chaque échantillon), ce qui dure plusieurs jours.

Cette étape a pour but d’obtenir des fragments de tailles homogènes avec des adaptateurs à leurs extrémités pour garantir une bonne analyse. A l’issue de la préparation des librairies, on procède à un contrôle qualité et à leur normalisation.

4) Le séquençage 

Puis vient le séquençage des fragments d’ADN. Cette étape utilise des machines high-tech, appelé séquenceurs, qui identifient les nucléotides présents sur les brins d’ADN.

Les nucléotides sont les éléments de base qui constituent l’ADN ou l’ARN. Ils sont de quatre types pour l’ADN : A, C, G ou T. Le séquençage et la préparation de librairies sont effectués par des personnes qualifiées et entraînées à ces manipulations. Les protocoles sont longs, complexes et il faut y être habitué pour les suivre correctement.

À l’issue du séquençage, on obtient alors des séquences d’ADN, c’est-à-dire l’enchaînement des différents nucléotides. Les nucléotides peuvent être comparés à des mots, dont l’enchaînement forme des phrases, les séquences. La signification des phrases peut s’apparenter aux gènes.

Etape d'analyse de votre échantillon de selle et du microbiote - Nahibu

5) L’interprétation des résultats

Une fois l’échantillon séquencé, on obtient des données sous forme brute : une suite de A, T, C ou G constituant des morceaux (on parle de lectures, ou reads) du métagénome du microbiote. Ces données sont sur des fichiers pouvant peser plusieurs Gigaoctets.

Une pré-analyse est réalisée afin, encore une fois, de contrôler la qualité du séquençage. Si le contrôle est validé, l’analyse se poursuit. Elle permet de donner du sens à ces fichiers de résultats par traitement bio-informatique, ou analyse de données. Cela consiste en une succession d’étapes qui prennent plusieurs jours pour finalement parvenir à la cartographie du microbiote et son interprétation sous forme fonctionnelle.

À partir des gènes identifiés, nous déterminons les espèces présentes dans votre microbiote ; c’est ce qu’on appelle l’analyse taxonomique. Pour cette étape, nous faisons appel à différent logiciels utilisés couramment en analyse métagénomique. Les résultats de ces logiciels nous permettent de calculer la richesse (le nombre d’espèces différentes présentes) ainsi que l’entérotype (le « type » de bactéries le mieux représenté dans votre microbiote).

Chez Nahibu, nous ne nous arrêtons pas à l’établissement de la liste des bactéries détectées dans votre échantillon. Nous regroupons les gènes présents dans le microbiote en grandes familles fonctionnelles appelés « modules fonctionnels » selon leur impact sur les voies métaboliques de l’organisme. Ceci permet d’expliquer https://nahibu.com/microbiote-intestinal/ et ainsi de connaître ses potentielles forces et faiblesses.

Résultats de l'analyse de votre échantillon de selle et du microbiote intestinal - NAHIBU

6) Réception de vos résultats d’analyse

Une fois toutes ces étapes accomplies, vos résultats sont disponibles dans votre espace personnel Nahibu sous la forme d’un rapport avec la cartographie de votre microbiote et l’analyse fonctionnelle de celui-ci.

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

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Comprendre son rapport d’analyse du microbiote intestinal

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Comprendre le rapport d’analyse Nahibu

Pour chaque analyse, l’utilisateur a la possibilité de télécharger un résumé au format PDF. Ce rapport simplifié issu de la plateforme digitale Nahibu a été conçu par des experts du microbiote intestinal afin de faciliter sa lecture auprès des professionnels de santé. Il est composé de deux grandes parties.

Introduction du rapport d’analyse Nahibu

Une présentation générale de Nahibu, nos objectifs ainsi qu’une description brève de ce qu’est le microbiote intestinal.

Une description de comment les résultats ont été générés. Pour le rapport, l’utilisateur est automatiquement comparé à la cohorte dite saine de Nahibu. Celle-ci se compose des individus n’ayant déclaré aucune maladie chronique diagnostiquée ou aucun trouble digestif.

La présentation des 3 catégories de résultats : Optimal, Courant et Améliorable. Ces résultats sont obtenus en comparant la valeur obtenue par l’utilisateur avec celle de la cohorte saine (ordonnée). Ainsi un résultat “Améliorable” est un résultat se trouvant dans les 5% de valeurs les plus extrêmes (entre 0 et le 5eme percentile, et au-dessus du 95eme percentile). La valeur est “Courant” quand elle se trouve dans les 20% de valeurs les plus extrêmes de la cohorte (entre le 5eme et 25eme percentile, et entre le 75eme et 95eme percentile). Enfin le résultat est optimal quand il se trouve dans les valeurs présente à plus ou moins 25% de la médiane (entre le 25eme et le 75eme percentile).

Les informations générales sur l’utilisateur. Celles-ci sont extraites du questionnaire préalablement rempli par l’utilisateur et permet de visualiser les informations nécessaires pour appréhender le mode de vie, les antécédents médicaux et le mode alimentaire de l’utilisateur.

Les résultats de l’analyse du microbiote intestinal

Richesse

Il s’agit du nombre de bactéries détectées dans l’analyse, métrique essentielle pour l’évaluation d’une bonne santé. En effet, de nombreuses études montrent que la diminution de la diversité peut avoir un impact sur notre santé. Ainsi, plus nous consommons de fibres, et des fibres différentes, mieux c’est pour la diversité de notre microbiote intestinal et notre santé. 

L’entérotype

L’objectif des entérotypes est de proposer une stratification des individus basée sur leur microbiote intestinal en un nombre de groupes restreint, chaque groupe étant dirigé par un genre bactérien. Au contraire des groupes sanguins, les entérotypes n’ont pas de frontière claire. Selon les individus étudiés et les méthodes employées, ce nombre de groupe est variable allant généralement de deux à quatre. Les deux entérotypes les plus robustes, car retrouvés dans la majorité des analyses, semblent être Prevotella et Bacteroides. Le troisième groupe défini à l’origine, Ruminococcus, peut en fonction des études être fusionné à l’un des deux premiers ou être remplacé par un autre groupe. L’entérotype Bacteroides, associé à un régime riche en graisses animales, est dominant dans le monde occidental, alors que l’entérotype Prevotella est plus prévalent dans les sociétés rurales avec des régimes riches en fibres. Si un régime sur le court terme (inférieur à un mois) ne permet pas à un individu de changer d’entérotype, il n’est pas encore clair si les régimes sur le long terme peuvent influer les entérotypes.

L’équilibre intestinal

Il mesure la présence ou non d’une dysbiose au sein du microbiote. La dysbiose, en opposition avec l’eubiose, est un terme désignant un microbiote altéré dont la composition est déséquilibrée. La dysbiose du microbiote intestinal se caractérise par une diminution de la richesse de la diversité microbienne, une baisse de l’abondance du phylum Firmicutes au profit des Bacteroidetes, et une augmentation de l’abondance d’espèces potentiellement pathogènes.

La répartition des phylas

Plus de 1000 bactéries présentes dans le microbiote intestinal ont été identifiées. Elles sont classées en groupes à différents niveaux de précision, parmi eux les phylas. Dans le microbiote intestinal, les phylas les plus abondants qui constituent environ 90% du microbiote intestinal adulte sont au nombre de 3 : Firmicutes, Bacteroidetes et Actinobacteria. Il existe d’autres phylas moins abondants comme les Proteobacteria et les Verrucomicrobia par exemple.

phylum Microbiote Intestinal

La liste des genres et bactéries détectées

Il s’agit d’une sélection faite par Nahibu sur les genres et bactéries d’intérêts basée sur la littérature scientifique. Cette sélection comprend 4 genres d’intérêts (Bifidobacterium, Dialister, Coprococcus, Lactobacillus) et 11 bactéries d’intérets (Akkermansia muciniphila, Faecalibacterium prausnitzii, [Eubacterium] hallii, Bacteroides thetaiotaomicron, Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium longum, Bilophila wadsworthia, Clostridioides difficile, Roseburia intestinalis, [Ruminococcus] gnavus, Veillonella atypica).

La production d’acide gras à chaîne courte (AGCC)

La production d’AGCC est stimulée par la dégradation des fibres par les bactéries du microbiote intestinal. Ces AGCC sont absorbés par notre organisme et plusieurs effets bénéfiques sur la santé ont été décrits : source d’énergie pour les cellules du côlon, renforcement de la barrière intestinale et du système immunitaire, amélioration du transit dans le côlon, effet sur le cholestérol et la glycémie, réduction de l’inflammation, régulation de l’appétit, prévention contre l’obésité et le cancer colorectal par exemple.

Ils exercent donc un effet protecteur vis-à-vis des pathologies du colon. La quantité d’AGCC varie et leur production peut être augmentée en consommant des aliments riches en probiotiques et fibres. Les trois principaux AGCC sont le butyrate, l’acétate et le propionate.

L’analyse du potentiel fonctionnel du microbiote

L’analyse du microbiote intestinal de Nahibu reposant sur la quantification des gènes bactériens détectés dans l’ADN extrait d’un échantillon de selle, permet d’extrapoler son potentiel fonctionnel.

Ainsi dans le rapport PDF, sont reportées les informations sur la qualité nutritionnelle des apports, leur diversité, l’apport en prébiotique et le niveau d’inflammation intestinale. Toutes ces informations sont mesurées par rapport à la cohorte saine de Nahibu. De plus, l’analyse du potentiel fonctionnel du microbiote contient une partie sur la tolérance et intolérance des bactéries face à différents sucres complexes (FODMAP).

systeme immunitaire shido Nahibu

La table d’abondance

En annexe se trouve la liste des bactéries détectées présentes de manière significative et caractérisée (>0,01%) dans l’échantillon. Pour chacune d’elles, on trouve les indications d’appartenance et l’abondance relative en % par rapport à l’ensemble des bactéries détectées dans le microbiote.

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