Quelle est la meilleure analyse pour le microbiote intestinal ?

Quelle est la meilleure analyse pour le microbiote intestinal ?

Quelle est la meilleure analyse du microbiote intestinal ?  

L’étude du microbiote intestinal Nahibu se fait par métagénomique. C’est une technique de séquençage de l’ADN issu d’échantillons complexes comme des prélèvements de sols, d’air ou de selles. En métagénomique, les organismes (les bactéries dans le cadre de l’analyse du microbiote Nahibu) sont étudiés dans leur environnement, sans passer par une étape de mise en culture, comme en microbiologie classique.

C’est le développement de cette technique qui a permis de découvrir de nombreuses bactéries incultivables en laboratoire, et donc d’approfondir notre connaissance du microbiote intestinal. Pour en savoir plus sur le microbiote, cet organe encore méconnu, cliquez ici.

Quelles sont les méthodes d’études du microbiote ?

Il existe deux grandes méthodes d’étude du microbiote intestinal : la métagénomique shotgun et le séquençage de l’ARN 16S. Pourquoi ne pas simplement cultiver les bactéries comme dans un laboratoire de microbiologie traditionnel et observer ce qui pousse pour étudier notre flore intestinale ? De nombreuses bactéries de l’intestin ne peuvent pas vivre dans notre environnement, elles sont habituées à croître sans oxygène. De plus, nous possédons environ 100 000 milliards de bactéries dans notre organisme, imaginez la surface nécessaire pour cultiver toutes ces bactéries ! Il y a aussi des centaines d’espèces de bactéries qui nécessitent chacune des conditions bien particulières. C’est pour cela que pour étudier les bactéries du microbiote intestinal, on analyse leur ADN pour ensuite pouvoir identifier à quelle bactérie il appartient, et donc lister, après analyse de tout l’ADN d’un échantillon, la liste des bactéries présentes.

Les tests fécaux ciblés ou respiratoires n’étudient pas le microbiote dans sa globalité

D’autres techniques mesurent uniquement certains paramètres dans les selles mais ne séquencent pas les gènes du microbiote. Ce sont des techniques qui vont évaluer certains marqueurs spécifiques comme la calprotectine, ou d’autres composés présents dans les fèces. Ils peuvent également cibler certaines bactéries spécifiques qui sont mises en culture dans des laboratoires de microbiologie pour en détecter la présence. Ceci ne nécessite pas une étape de séquençage et ne permet pas de comprendre la composition totale de la flore intestinale car ils étudient uniquement des marqueurs ou bactéries particulières et non pas cet organe dans sa globalité.

Il existe également des tests respiratoires qui permettent de mesurer l’expiration d’un ou plusieurs gaz avant et après ingestion d’une collation sucrée. Le but est d’évaluer la production de gaz par l’organisme toutefois, ils ne permettent pas d’étudier la composition bactérienne du microbiote intestinal car les bactéries intestinales sont présentes dans l’estomac et l’intestin et non pas dans les gaz expirés.

Malgré les dénominations « test du microbiote » de certains tests fécaux ciblés ou tests respiratoires, ils ne permettent pas une analyse complète de la composition du microbiote intestinal, composé de centaines d’espèces de bactéries différentes. Seule la métagénomique fournit une description complète et précise de la composition bactérienne de notre flore.

 

Qu’est-ce que l’ARN 16S ?

Le séquençage de l’ARN 16S étudie un gène présent chez toutes les bactéries, celui de l’ARN 16S. Ce gène est différent selon les genres bactériens ; cette technique permet donc d’identifier la composition bactérienne d’un échantillon en décrivant principalement les genres qui le composent.

 

Qu’est-ce que la métagénomique ?

La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d’étude globale du contenu génétique d’un échantillon dans un environnement complexe, comme celui de l’intestin. Elle permet d’analyser tous les gènes présents dans l’échantillon.

Pourquoi choisir une analyse en métagénomique shotgun ?

La métagénomique shotgun, technique choisie par Nahibu, permet d’étudier l’ADN de toutes les bactéries présentes dans l’échantillon, sans biais. Cliquez ici pour connaître les étapes de l’analyse Nahibu.
Ainsi, lors de la remise des résultats, les utilisateurs obtiennent des indicateurs-clés tels que la diversité ou l’état d’équilibre du microbiote intestinal, une cartographie complète et précise, ainsi que le potentiel fonctionnel du microbiote. Le potentiel fonctionnel explique le rôle que les bactéries détectées ont sur notre corps. Toutefois, on parle de potentiel car la métagénomique analyse l’ADN des bactéries, or tout l’ADN ne « s’exprime » pas constamment, une partie reste silencieuse et ne sera donc pas active.

La métagénomique ciblée sur l’ARN 16S n’est pas de la métagénomique stricto senso, mais de la métagénétique car elle n’analyse pas l’ensemble des gènes de l’échantillon mais seulement une partie. En effet, elle cible uniquement le gène de l’ARN 16S des bactéries.

metagenomique shotgun 16S Nahibu

Une description plus précise des bactéries

Un des avantages de la métagénomique shotgun est qu’elle décrit de manière bien plus précise les bactéries présentes dans un échantillon.
La taxonomie est la pratique de la classification des organismes. C’est elle qui permet de nommer et classer les bactéries. La métagénomique shotgun a une meilleure résolution taxonomique, c’est-à-dire qu’elle définit les bactéries plus précisément que d’autres approches ; la métagénomique shotgun peut en effet caractériser les bactéries au niveau de l’espèce, voire de la souche, tandis que le 16S ne décrit qu’au niveau du genre, plus rarement de l’espèce.

Or, des souches de bactéries différentes ont des fonctions différentes, il est donc important de mesurer ces subtilités.

classification bacteries Nahibu

Le rôle potentiel du microbiote révélé par métagénomique shotgun

De plus, la métagénomique shotgun permet de décrire l’ensemble du métagénome et donc d’expliquer le fonctionnement global du microbiote. On peut ainsi extraire le potentiel fonctionnel du microbiote, ce qui est impossible avec une approche utilisant le 16S. Le potentiel fonctionnel est la façon dont le microbiote peut hypothétiquement agir sur notre métabolisme et les fonctions de notre organisme. On peut imaginer le potentiel fonctionnel comme le rôle de chaque personne au sein d’une maisonnée : ménage, réparation, cuisine, courses etc. Le potentiel fonctionnel permet de comprendre le rôle de chaque bactérie et sur quelle « tâche » le microbiote d’un individu va pouvoir être compétent ou pas.

Chez Nahibu, nous pensons que vous fournir une liste des bactéries détectées dans un échantillon n’est pas suffisant pour vous permettre de comprendre le rôle que joue votre microbiote, et d’identifier ses forces et faiblesses potentielles. Nous avons pris le parti qu’une analyse du microbiote s’inscrit dans une démarche de découverte et d’avancée vers le bien-être. C’est pour cette raison que nous analysons vos échantillons grâce à la métagénomique shotgun, une approche fiable, complète et non-biaisée, qui permet de révéler le potentiel fonctionnel de votre flore intestinale. En savoir plus sur la fiabilité de notre test. 

Les résultats du potentiel fonctionnel Nahibu sont présentés en catégories avec un score sur chaque fonction. Cela vous permet de visualiser de manière claire et précise sur quelle fonction votre microbiote a un fort ou faible potentiel.

Ensuite, comment agir et booster ces fonctions ? Des aliments ou compléments vous sont recommandés de manière personnalisée pour améliorer vos scores.

systeme immunitaire shido Nahibu

La métagénomique shotgun est une technique plus coûteuse que le 16S car elle est globale, ce qui génère des fichiers plus longs à analyser, mais également des résultats bien plus complets, une liste d’abondance des bactéries plus précise, et une explication du potentiel fonctionnel du microbiote, qui vous permet de comprendre son rôle sur votre organisme.

En conclusion, l’analyse Nahibu par métagénomique shotgun vous fournit une vue globale, précise, facilement compréhensible et non-biaisée de votre microbiote intestinal pour améliorer votre bien-être !

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Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Qu’est-ce que le microbiote ?

Définition générale du microbiote 

Le microbiote est un ensemble de micro-organismes (virus, bactéries, archées, champignons) vivant dans un environnement spécifique. Il existe différents microbiotes dans le corps humain : cutané, vaginal, intestinal, pulmonaire etc.

Définition générale du microbiote intestinal 

Le microbiote intestinal, ou la flore intestinale, représente les micro-organismes qui se trouvent au niveau du tractus digestif : estomac et intestin. C’est le microbiote le plus important en termes de population, il rassemble 1014 (10 000 milliards) micro-organismes, donc 10 fois plus que le nombre de cellules dans l’organisme, et pèse 2 kilogrammes.

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ? 

Quelle est la composition du microbiote intestinal ? 

Le microbiote digestif est composé à 90 % de bactéries. La composition du microbiote varie selon les individus, toutefois, 4 phyla (ou groupes bactériens) se retrouvent systématiquement chez tous les individus : Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria et Actinobacteria. Ils constituent le noyau commun.

Comment se développe le microbiote intestinal ? 

Le développement du microbiote au cours de la vie 

Le microbiote intestinal se développe à la naissance. Dès son développement et au cours de la vie de l’individu, il est influencé par plusieurs facteurs qui vont perturber sa composition bactérienne. Tout d’abord, à la naissance, la composition dépend du mode d’accouchement du nouveau-né, c’est-à-dire si l’accouchement a lieu par voie basse ou par césarienne, et de l’âge gestationnel. Lors d’une naissance classique, le nouveau-né est en contact avec le microbiote vaginal de la mère.

Ainsi, ce sont ces bactéries qui sont les premières à coloniser le tube digestif du nouveau-né. Tandis que, lors d’une naissance assistée, le nouveau-né est d’abord en contact avec le microbiote cutané et n’est donc jamais en relation avec les bactéries vaginales. Ensuite, des différences apparaissent selon le régime alimentaire du nouveau-né, s’il est nourri au lait maternel ou au lait artificiel.

Cette disparité entraîne des différences dans la composition bactérienne. Le sevrage marque également un changement dans la composition bactérienne du microbiote intestinal. De la naissance au sevrage, c’est-à-dire le plus souvent vers l’âge de 2,5 ans, le microbiote digestif est très instable donc très vulnérable.

Les facteurs qui influencent le microbiote intestinal 

On considère qu’après 2,5 ans, le microbiote devient stable et similaire à celui d’un adulte, cependant, il continue à évoluer tout au long de la vie s’il est exposé à certains facteurs tels que : la prise d’antibiotiques, les maladies, le stress, le régime alimentaire, la zone géographique, le niveau de santé etc.

Par exemple, la prise d’antibiotiques réduit considérablement la diversité bactérienne du microbiote et entraîne une diminution des mécanismes de défense qui protègent l’organisme contre les agents pathogènes.

L’altération de la flore intestinale, plus communément appelée la dysbiose, est associée à des pathologies comme les maladies neurodégénératives (Alzheimer, Parkinson…), les maladies métaboliques (diabète, obésité…), les cancers, les allergies etc. La dysbiose se traduit par un déséquilibre du microbiote intestinal et résulte d’une réduction de la diversité bactérienne, au profit d’espèces pathogènes.

microbiote intestinal nahibu

Quels sont les rôles du microbiote intestinal ? 

Le microbiote intestinal remplit un certain nombre de fonctions vitales dans le corps humain. Tout d’abord, il joue un rôle dans la protection de l’organisme en le défendant contre les agents pathogènes. Il est également impliqué dans les fonctions métaboliques ; il permet l’absorption et la production de nutriments. Enfin, il joue un rôle clé dans le système immunitaire.

Il existe donc une réelle symbiose entre les micro-organismes du microbiote intestinal et l’hôte, garantissant une bonne santé ; l’hôte et la flore intestinale ne pouvant évoluer l’un sans l’autre.

Lien entre douleur à l'estomac et microbiote intestinal.

Comment peut-on analyser son microbiote ? 

Aujourd’hui, on peut analyser les gènes présents dans les bactéries d’un échantillon de selles pour connaître la composition de son microbiote intestinal. L’analyse métagénomique, qui regroupe l’ensemble des génomes bactériens, permet alors de connaître la richesse bactérienne, l’entérotype de l’individu, l’équilibre de la flore intestinale, la répartition des phyla (ou groupes bactériens), la production d’acides gras à chaîne courte, etc…

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Comment peut-on agir sur le microbiote ? 

Du fait de son rôle clé dans le maintien d’un équilibre favorable de l’organisme, le microbiote doit être préservé. L’alimentation constitue un levier majeur pour agir sur sa composition et ainsi en préserver la diversité bactérienne ainsi que son équilibre avec l’organisme. Aujourd’hui, il existe diverses alternatives pour protéger et entretenir le microbiote.

Une alimentation variée et équilibrée 

Tout d’abord, une alimentation variée, équilibrée et particulièrement riche en fibres favorise la diversité bactérienne.  De plus, la consommation de fibres protège contre le risque de maladies cardiovasculaires et de certains cancers comme le cancer colorectal ou de l’œsophage.

Une alimentation riche en prébiotiques 

La consommation de prébiotiques est bénéfique pour l’hôte car ce sont des substances non digestibles qui favorisent le développement et l’activité de bonnes bactéries intestinales. Il existe différentes sources de prébiotiques comme l’inuline, les FOS (fructo-oligosaccharides), les GOS (galacto-oligosaccharides) et les fructanes que l’on peut retrouver dans les légumes (artichaut, brocoli, poireau, tomate…), les légumineuses (haricot rouge, lentille, pois chiches…), les fruits (banane, pomme, fruits secs…), les racines (chicorée, panais, topinambour) ou bien encore dans les oléagineux (amande, noix, pistache).

Une alimentation riche en probiotiques 

Une alimentation contenant des probiotiques permet également d’enrichir le microbiote intestinal. Les probiotiques, quant à eux, sont des micro-organismes vivants qui exercent leurs effets bénéfiques sur l’individu en luttant contre la colonisation de l’intestin par des micro-organismes pathogènes. Parmi les probiotiques, on trouve des bactéries (lactobacilles, bifidobactéries, streptocoques) ou des levures présents dans différents aliments tels que le lait, le kéfir, la choucroute…

Les transplantations fécales 

Enfin, des transplantations fécales peuvent être réalisées par un médecin pour un nombre restreint de pathologies. Elles consistent en l’introduction de selles d’un sujet donneur dans le tube digestif d’un sujet receveur avec pour objectif de reconstruire la flore intestinale altérée. Les transplantations fécales se font sous contrôle médical strict car elles comportent des risques sérieux pour la santé.

Lien entre douleur à l'estomac et microbiote intestinal.

 

En conclusion, le microbiote intestinal constitue un organe à part entière qu’il est indispensable de préserver pour lui permettre de réaliser ses fonctions et de garantir une bonne santé générale. Lorsque le microbiote dysfonctionne, une dysbiose s’installe. Il est aujourd’hui possible de prévenir ce risque de dysbiose en agissant sur certains facteurs comme l’alimentation. Aujourd’hui, l’analyse de microbiote, comme le propose Nahibu, est couramment utilisée pour déceler l’appauvrissement du microbiote intestinal afin d’y remédier au moyen d’un accompagnement nutritionnel personnalisé. Une alimentation variée et équilibrée permet d’entretenir la diversité du microbiote.

Sources : 

Hors-série – Pour la science n° 109. Les vrais pouvoirs des microbiotes sur notre santé. Novembre 2020.

Francisca Joly Gomez, Isabel Gomez Dubest. Bien nourrir notre intestin. Marabout. 2016.

Ting-Chin David Shen. Diet and Gut Microbiota in Health and Disease. 2017.

Daria A. Kashtanova, Anna S. Popenko. Association between the gut microbiota and diet : Fetal life, early childhood, and further life. 2016.

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Agir sur sa production d’acides gras à chaîne courte

Agir sur sa production d’acides gras à chaîne courte

Agir sur sa production

d’acides gras à chaîne courte 

Le microbiote intestinal 

L’ allié de notre santé

L’organisme évolue en symbiose avec l’écosystème qu’il abrite au niveau du tractus digestif. Il se compose d’une multitude de micro-organismes (virus, bactéries, archées, champignons) et forme le microbiote intestinal. Chacune des bactéries joue un rôle clé dans de nombreuses fonctions vitales de l’organisme et également dans le maintien d’une bonne santé. Néanmoins, si l’équilibre est rompu, les bactéries, qui étaient initialement bénéfiques pour la santé, peuvent exprimer leur pouvoir délétère et entraîner des troubles comme les maladies neurodégénératives (Alzheimer, Parkinson…), les maladies métaboliques (diabète, obésité), les cancers ou les allergies.

Les facteurs qui modifient le microbiote intestinal 

Le microbiote intestinal se construit dès la naissance et jusqu’à l’âge de 2 ans et demi environ. Ensuite, il est considéré comme stable et sa composition ne va évoluer qu’avec certains facteurs tels que :  les maladies, le stress, la prise de médicaments, le niveau de santé, le régime alimentaire, la zone géographique etc. Sous l’influence de ces derniers, la composition bactérienne peut changer.

Comment agir sur le microbiote intestinal ? 

Aujourd’hui, un lien est avéré entre l’alimentation et la composition bactérienne du microbiote intestinal. Il est donc important d’avoir une alimentation variée et équilibrée pour façonner au mieux son microbiote et ainsi pouvoir profiter de ses bienfaits. Par exemple, il est recommandé d’accroître sa consommation de fibres alimentaires au détriment des glucides simples. En effet, en plus d’être rassasiantes et bénéfiques pour le transit intestinal, elles diminuent le risque de diabète, de cancers et de maladies cardiovasculaires. Enfin, elles nourrissent également les bonnes bactéries intestinales. 

 

Alimentation riche en glucides simples microbiote intestinal Nahibu

Les glucides, plus couramment appelés “sucres” sont des molécules dont la fonction est d’apporter de l’énergie à l’organisme sous forme de calories. On distingue les glucides simples (ou monosaccharides) et complexes (ou polysaccharides). Les glucides simples comme le glucose, le fructose, ou le galactose, sont des molécules non hydrolysables, c’est-à-dire qu’ils ne peuvent pas être coupés en molécules plus petites.

Les glucides complexes sont, quant à eux, formés par l’enchaînement de glucides simples. Parmi eux, il y a les disaccharides comme le lactose et le saccharose, qui se composent de deux glucides simples, et les polysaccharides (amidon, cellulose, glycogène etc.), composés de plus de deux glucides simples. Seuls les glucides simples et les disaccharides des glucides complexes ont un pouvoir sucrant. Les polysaccharides n’en ont pas.

 

Alimentation riche en fibres alimentaires pour le microbiote intestinal Nahibu

Les fibres alimentaires sont des glucides complexes d’origine végétale et qui ne sont ni digérés, ni absorbés par l’organisme. Elles peuvent être de deux types : les fibres solubles et les fibres insolubles. D’ailleurs, les fibres sont naturellement présentes dans l’alimentation végétale toutefois leur répartition est hétérogène. Les légumes (artichaut, betterave, carotte, brocoli, chou etc.), les légumineuses (haricots, lentilles, pois chiches etc.), les céréales complètes (avoine, épeautre, riz brun etc.), les fruits (pomme, poire, orange, pamplemousse etc.) ainsi que les fruits secs (datte, pruneau etc.) en sont d’excellentes sources.

Digestion des fibres alimentaires

Une fois ingérées, les fibres alimentaires vont traverser le tube digestif jusqu’au côlon sans être digérées ou absorbées. C’est au niveau du côlon qu’elles vont d’abord subir une hydrolyse (ou dissociation) par des enzymes et ensuite, une fermentation par les bactéries et libérer des acides gras à chaîne courte. Certains d’entre eux exercent leurs fonctions au niveau de l’intestin alors que d’autres vont migrer et agir à travers l’organisme. 

 

Alimentation variée équilibrée enrichie en fibres alimentaires acides gras à chaîne courte Nahibu

Les acides gras à chaîne courte 

 

Que sont les AGCC ? 

Les acides gras à chaîne courte (AGCC) sont un sous-ensemble d’acides gras synthétisés par le microbiote intestinal lors de la fermentation des polysaccharides non digestibles comme les fibres alimentaires. Ce sont plus simplement des molécules produites par les bonnes bactéries intestinales lors de la fermentation des aliments. Il en existe plusieurs comme l’acétate, le butyrate, le lactate, le propionate et le succinate, dont les proportions et les rôles varient. L’acétate, le butyrate et le propionate sont les plus représentés. Chacun d’entre eux joue un rôle important dans le maintien de la santé et dans le développement des maladies.

Ou agissent les AGCC ? 

Une fois produits, les AGCC peuvent rester dans le côlon et servir aux cellules intestinales ou être transportés dans la circulation sanguine pour aller agir sur d’autres organes. La production d’AGCC est influencée par différents facteurs. Elle va dépendre du nombre d’espèces bactériennes présentes dans le microbiote intestinal. La source de fibre alimentaire ainsi que le temps de transit vont également jouer un rôle.

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Quels sont les effets des AGCC sur la santé ? 

Les AGCC sont aujourd’hui perçus comme les médiateurs des effets bénéfiques des fibres alimentaires et du microbiote intestinal sur la santé de l’hôte. Tout d’abord, ils jouent un rôle clé dans le maintien de la santé intestinale. Ils améliorent l’intégrité de la barrière intestinale en régulant le pH, la production de mucus et en fournissant l’énergie nécessaire aux cellules épithéliales pour mener à bien leurs fonctions. Ils modulent également les réponses inflammatoires et immunitaires.  Ils régulent la fonction des cellules immunitaires ainsi que la différenciation des lymphocytes. Les lymphocytes sont des globules blancs qui font partie du système immunitaire et protègent l’organisme contre les agressions (bactéries, virus, maladies etc.). Ils limitent également la prolifération des cellules tumorales. De plus, ils agissent sur les muscles squelettiques en modulant leur fonction ainsi que leur capacité d’exercice. Enfin, ils préviennent contre le risque de troubles gastro-intestinaux, d’hypertension, de résistance à l’insuline, d’obésité, de cancers et de maladies cardiovasculaires.

Comment connaître son taux d’AGCC ? 

Il est aujourd’hui possible d’analyser son microbiote intestinal. En plus de pouvoir déceler l’appauvrissement de la biodiversité bactérienne qui est associé au risque de dysbiose, l’analyse permet également de détecter les acides gras à chaîne courte.

Comment accroître le nombre d’AGCC ? 

L’alimentation étant le principal facteur qui influence la quantité d’acides gras à chaîne courte, il est aujourd’hui indispensable d’intégrer à son alimentation des denrées riches en fibres pour stimuler leur production. En effet, plus la consommation de fibres est élevée, plus il y aura d’AGCC produits.

Zoom sur les bactéries intestinales Nahibu

Focus sur le butyrate  

Une alimentation enrichie en fibres est extrêmement favorable pour la santé. Augmenter ses taux de butyrate présente plusieurs bénéfices. En plus d’être la source majeure d’énergie pour les cellules épithéliales, il joue un rôle clé dans la prévention des cancers et des maladies inflammatoires de l’intestin. De plus, il a été démontré qu’une supplémentation en butyrate pourrait diminuer le risque d’obésité.

Focus sur le succinate

Le succinate, quant à lui, semble avoir des effets négatifs. On retrouve des taux élevés de succinate dans la lumière intestinale chez des patients qui présentent une dysbiose ou encore une maladie inflammatoire de l’intestin. Toutefois, son implication reste à être confirmée.

En conclusion, il est impératif de veiller à avoir un apport suffisant en fibres alimentaires pour permettre au microbiote de produire des acides gras à chaîne courte et ainsi favoriser une bonne santé. En plus de leurs bienfaits sur le microbiote, les fibres sont essentielles pour l’organisme. Elles agissent comme nos alliées pour un bien-être optimal et pour limiter le risque de développer certaines maladies. Les acides gras à chaine courte sont considérés comme les médiateurs clés entre l’alimentation, le microbiote intestinal et la santé. Nahibu, acteur de l’alimentation de demain, propose une solution d’analyse du microbiote intestinal qui en mesure la diversité  et détecte les AGCC.  

 

Sources :

Jian Tan, Craig McKenzie, Maria Potamitis, Alison N Thorburn, Charles R Mackay, Laurence Macia. The role of short-chain fatty acids in health and disease. 2014.

Sean M McNabney, Tara M Henagan. Short Chain Fatty Acids in the Colon and Peripheral Tissues: A Focus on Butyrate, Colon Cancer, Obesity and Insulin Resistance. 2014.

Yao Yao, Xiaoyu Cai, Weidong Fei, Yiqing Ye, Mengdan Zhao, Caihong Zheng. The role of short-chain fatty acids in immunity, inflammation and metabolism. 2020.

James Frampton, Kevin G Murphy, Gary Frost, Edward S Chambers. Short-chain fatty acids as potential regulators of skeletal muscle metabolism and function. 2020.

E E Blaak, E E Canfora, S Theis, G Frost, A K Groen, G Mithieux, A Nauta, K Scott, B Stahl, J van Harsselaar, R van Tol, E E Vaughan, K Verbeke. Short chain fatty acids in human gut and metabolic health. 2020.

Julia M W Wong, Russell de Souza, Cyril W C Kendall, Azadeh Emam, David J A Jenkins. Colonic health; fermentation and short chain fatty acids. 2006.

Sathish Sivaprakasam, Puttur D Prasad, Nagendra Singh. Benefits of short-chain fatty acids and their receptors in inflammation and carcinogenesis. 2016.

 

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Le microbiologiste Stanislav Dusko Ehrlich rejoint Nahibu

Le microbiologiste Stanislav Dusko Ehrlich rejoint Nahibu

Nahibu compte parmi son comité scientifique le Directeur de Recherche Emérite de l’INRA, Stanislav Dusko Ehrich.

Nahibu compte parmi son comité scientifique le Directeur de Recherche Émérite de l’INRA, Stanislav Dusko Ehrlich.

Professeur Stanislav Dusko Ehrlich

Stanislav Dusko Ehrlich est le premier scientifique à proposer le séquençage complet du microbiote, en dirigeant le consortium international MetaHIT.  

L’association réalisée entre Nahibu et le Directeur de Recherche Émérite,  a pour ambition de faire avancer la science du microbiote intestinal.caine de Microbiologie, de l’Académie Européenne de Microbiologie.

« C’est très excitant de rejoindre Nahibu qui, selon moi, propose ce qu’il y a de meilleur dans l’analyse du microbiote intestinal. Ensemble, nous allons pouvoir conjuguer nos propres forces afin de faire avancer la science du microbiote intestinal et d’en faire bénéficier le plus grand nombre », commente Stanislav Dusko Ehrlich. « Alors que Nahibu s’appuie sur une méthodologie de séquençage haute définition, la plus précise à ce jour, ainsi que sur des outils de pointe, je vais pouvoir apporter ma vision et mes conseils scientifiques à cette société pleine d’avenir ».

Ingénieur en Chimie Organique de l’Université de Zagreb, majeur de sa promotion, et Docteur ès Sciences de l’État en Biochimie à l’Université Paris VII, Stanislav Dusko Ehrlich a fondé et dirigé l’Unité de Génétique Microbienne et la Division de Microbiologie de l’INRA et coordonné le premier grand projet de la Commission Européenne sur le Microbiome, MetaHIT, qui a posé les fondations de la caractérisation actuelle du microbiome. En parallèle, il a cofondé la première start-up dans le domaine de microbiome humain, Enterome, en 2012.

Il a également été associé du Professeur Joshua Lederberg, lauréat du Prix Nobel de médecine, au sein du Département de Génétique de l’École de Médecine de l’Université de Stanford.

Stanislav Dusko Ehrlich est membre de l’Académie Croate de Sciences et Arts, de l’Académie Française d’Agriculture, de l’Organisation Européenne de Biologie Moléculaire (EMBO), de l’Académie Américaine de Microbiologie, de l’Académie Européenne de Microbiologie.

Distinctions :

 Lauréat de l’Excellence de la recherche Agronomique de l’INRA, Lauréat du Grand Prix Scientifique Del Duca de l’Institut de France, Chevalier de l’Ordre du Mérite et de la Légion d’Honneur.

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Nahibu : présentation du kit de prélèvement.

Nahibu : présentation du kit de prélèvement.

Le kit d'analyse du microbiote intestinal by Nahibu.

Le kit d’analyse du microbiote intestinal Nahibu.

Le kit Nahibu est un kit de prélèvement de matière fécale utilisable chez soi ne nécessitant aucune intervention médicale. La présentation des éléments ainsi que la méthode de prélèvement est décrite dans un manuel d’utilisation fournis dans la boite du kit Nahibu. Ce dernier est composé de 3 éléments :

Kit de prélèvement et d'analyse du microbiote intestinal - Nahibu

Un tube : 

Un tube avec un bouchon à vis. C’est le tube pour recueillir l’échantillon. Une cuillère en plastique est attachée au couvercle permettant de récolter environ 1g de selle (quantité nécessaire pour le séquençage). Au fond du tube se trouve 4ml de stabilisateur ADN. Ce stabilisateur est le garant de la bonne conservation de l’échantillon à température ambiante.
Il inactive la charge virale et limite la prolifération des champignons et des bactéries.

Kit de prélèvement et d'analyse du microbiote intestinal - Nahibu

Feces Catcher : 

Le Feces Catcher (Stool Trap) est un dispositif de prélèvement d’échantillons de selles hygiénique, facile à utiliser et biodégradable, qui se compose d’un morceau de papier jetable à installer sur le siège des toilettes. Les instructions sont imprimées directement sur chaque récupérateur de matières fécales pour une facilité d’utilisation. En déposant le Feces Catcher sur le siège des toilettes,
l’échantillon est à l’abri des sources possibles de contamination, telles que l’eau de Javel résiduelle, l’urine, etc.

Kit de prélèvement et d'analyse du microbiote intestinal - Nahibu

Shuttlepuch :

Le shuttlepuch est une pochette plastique contenant du papier absorbant. Il permet le transport du tube en toute sécurité et étanchéité. Une fois refermée, en cas d’ouverture du tube ou de fuite de liquide, tout sera absorbé par le papier présent dans la pochette.

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Nahibu : les étapes pour analyser votre échantillon de selles

Nahibu : les étapes pour analyser votre échantillon de selles

Nahibu : les étapes d’analyse de votre échantillon de selles

Comment se passe le test de votre prélèvement ? Nahibu analyse les gènes des bactéries contenues dans votre échantillon de selles, ce qui nécessite plusieurs étapes successives réalisées par des techniciens hautement qualifiés et habitués à ce genre de manipulations. Quelles sont ces différentes étapes et pourquoi mes résultats ne sont-ils pas instantanément chargés sur la plateforme de résultats à réception de mon échantillon ?

Les étapes de l'analyse de votre microbiote intestinal.

1) Réception de votre échantillon de selles

À la réception de l’échantillon par Nahibu, un premier contrôle qualité de ce dernier est effectué.

 Il partira ensuite en séquençage dans notre laboratoire partenaire.

2) L’extraction d’ADN

Ensuite, l’ADN bactérien est extrait dans un laboratoire dédié à cette opération en suivant un protocole délicat. En effet, les manipulations sont effectuées avec un grand soin dans un espace dédié pour ne pas contaminer l’échantillon avec de l’ADN provenant de sources extérieures. Cette étape cruciale nécessite la plus grande précision car elle peut impacter les résultats.

Elle a pour but d’obtenir l’ADN bactérien le plus pur en quantité suffisante pour être séquencé. Le protocole est une succession d’étapes avec différentes solutions et des étapes de centrifugation. A l’issue de l’extraction, un contrôle qualité est à nouveau effectué pour être sûr qu’il y a assez d’ADN pour fournir des résultats fiables.

Etape d'analyse de votre microbiote - Nahibu

3) La préparation des librairies d’ADN

L’ADN ne peut pas être séquencé tel quel. Il est donc fragmenté et des librairies d’ADN sont préparées (une librairie pour chaque échantillon), ce qui dure plusieurs jours.

Cette étape a pour but d’obtenir des fragments de tailles homogènes avec des adaptateurs à leurs extrémités pour garantir une bonne analyse. A l’issue de la préparation des librairies, on procède à un contrôle qualité et à leur normalisation.

4) Le séquençage 

Puis vient le séquençage des fragments d’ADN. Cette étape utilise des machines high-tech, appelé séquenceurs, qui identifient les nucléotides présents sur les brins d’ADN.

Les nucléotides sont les éléments de base qui constituent l’ADN ou l’ARN. Ils sont de quatre types pour l’ADN : A, C, G ou T. Le séquençage et la préparation de librairies sont effectués par des personnes qualifiées et entraînées à ces manipulations. Les protocoles sont longs, complexes et il faut y être habitué pour les suivre correctement.

À l’issue du séquençage, on obtient alors des séquences d’ADN, c’est-à-dire l’enchaînement des différents nucléotides. Les nucléotides peuvent être comparés à des mots, dont l’enchaînement forme des phrases, les séquences. La signification des phrases peut s’apparenter aux gènes.

Etape d'analyse de votre échantillon de selle et du microbiote - Nahibu

5) L’interprétation des résultats

Une fois l’échantillon séquencé, on obtient des données sous forme brute : une suite de A, T, C ou G constituant des morceaux (on parle de lectures, ou reads) du métagénome du microbiote. Ces données sont sur des fichiers pouvant peser plusieurs Gigaoctets.

Une pré-analyse est réalisée afin, encore une fois, de contrôler la qualité du séquençage. Si le contrôle est validé, l’analyse se poursuit. Elle permet de donner du sens à ces fichiers de résultats par traitement bio-informatique, ou analyse de données. Cela consiste en une succession d’étapes qui prennent plusieurs jours pour finalement parvenir à la cartographie du microbiote et son interprétation sous forme fonctionnelle.

À partir des gènes identifiés, nous déterminons les espèces présentes dans votre microbiote ; c’est ce qu’on appelle l’analyse taxonomique. Pour cette étape, nous faisons appel à différent logiciels utilisés couramment en analyse métagénomique. Les résultats de ces logiciels nous permettent de calculer la richesse (le nombre d’espèces différentes présentes) ainsi que l’entérotype (le « type » de bactéries le mieux représenté dans votre microbiote).

Chez Nahibu, nous ne nous arrêtons pas à l’établissement de la liste des bactéries détectées dans votre échantillon. Nous regroupons les gènes présents dans le microbiote en grandes familles fonctionnelles appelés « modules fonctionnels » selon leur impact sur les voies métaboliques de l’organisme. Ceci permet d’expliquer https://nahibu.com/microbiote-intestinal/ et ainsi de connaître ses potentielles forces et faiblesses.

Résultats de l'analyse de votre échantillon de selle et du microbiote intestinal - NAHIBU

6) Réception de vos résultats d’analyse

Une fois toutes ces étapes accomplies, vos résultats sont disponibles dans votre espace personnel Nahibu sous la forme d’un rapport avec la cartographie de votre microbiote et l’analyse fonctionnelle de celui-ci.

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

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