Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Qu’est-ce que le microbiote ?

Définition générale du microbiote 

Le microbiote est un ensemble de micro-organismes (virus, bactéries, archées, champignons) vivant dans un environnement spécifique. Il existe différents microbiotes dans le corps humain : cutané, vaginal, intestinal, pulmonaire etc.

Définition générale du microbiote intestinal 

Le microbiote intestinal, ou la flore intestinale, représente les micro-organismes qui se trouvent au niveau du tractus digestif : estomac et intestin. C’est le microbiote le plus important en termes de population, il rassemble 1014 (10 000 milliards) micro-organismes, donc 10 fois plus que le nombre de cellules dans l’organisme, et pèse 2 kilogrammes.

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ? 

Quelle est la composition du microbiote intestinal ? 

Le microbiote digestif est composé à 90 % de bactéries. La composition du microbiote varie selon les individus, toutefois, 4 phyla (ou groupes bactériens) se retrouvent systématiquement chez tous les individus : Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria et Actinobacteria. Ils constituent le noyau commun.

Comment se développe le microbiote intestinal ? 

Le développement du microbiote au cours de la vie 

Le microbiote intestinal se développe à la naissance. Dès son développement et au cours de la vie de l’individu, il est influencé par plusieurs facteurs qui vont perturber sa composition bactérienne. Tout d’abord, à la naissance, la composition dépend du mode d’accouchement du nouveau-né, c’est-à-dire si l’accouchement a lieu par voie basse ou par césarienne, et de l’âge gestationnel. Lors d’une naissance classique, le nouveau-né est en contact avec le microbiote vaginal de la mère.

Ainsi, ce sont ces bactéries qui sont les premières à coloniser le tube digestif du nouveau-né. Tandis que, lors d’une naissance assistée, le nouveau-né est d’abord en contact avec le microbiote cutané et n’est donc jamais en relation avec les bactéries vaginales. Ensuite, des différences apparaissent selon le régime alimentaire du nouveau-né, s’il est nourri au lait maternel ou au lait artificiel.

Cette disparité entraîne des différences dans la composition bactérienne. Le sevrage marque également un changement dans la composition bactérienne du microbiote intestinal. De la naissance au sevrage, c’est-à-dire le plus souvent vers l’âge de 2,5 ans, le microbiote digestif est très instable donc très vulnérable.

Les facteurs qui influencent le microbiote intestinal 

On considère qu’après 2,5 ans, le microbiote devient stable et similaire à celui d’un adulte, cependant, il continue à évoluer tout au long de la vie s’il est exposé à certains facteurs tels que : la prise d’antibiotiques, les maladies, le stress, le régime alimentaire, la zone géographique, le niveau de santé etc.

Par exemple, la prise d’antibiotiques réduit considérablement la diversité bactérienne du microbiote et entraîne une diminution des mécanismes de défense qui protègent l’organisme contre les agents pathogènes.

L’altération de la flore intestinale, plus communément appelée la dysbiose, est associée à des pathologies comme les maladies neurodégénératives (Alzheimer, Parkinson…), les maladies métaboliques (diabète, obésité…), les cancers, les allergies etc. La dysbiose se traduit par un déséquilibre du microbiote intestinal et résulte d’une réduction de la diversité bactérienne, au profit d’espèces pathogènes.

microbiote intestinal nahibu

Quels sont les rôles du microbiote intestinal ? 

Le microbiote intestinal remplit un certain nombre de fonctions vitales dans le corps humain. Tout d’abord, il joue un rôle dans la protection de l’organisme en le défendant contre les agents pathogènes. Il est également impliqué dans les fonctions métaboliques ; il permet l’absorption et la production de nutriments. Enfin, il joue un rôle clé dans le système immunitaire.

Il existe donc une réelle symbiose entre les micro-organismes du microbiote intestinal et l’hôte, garantissant une bonne santé ; l’hôte et la flore intestinale ne pouvant évoluer l’un sans l’autre.

Lien entre douleur à l'estomac et microbiote intestinal.

Comment peut-on analyser son microbiote ? 

Aujourd’hui, on peut analyser les gènes présents dans les bactéries d’un échantillon de selles pour connaître la composition de son microbiote intestinal. L’analyse métagénomique, qui regroupe l’ensemble des génomes bactériens, permet alors de connaître la richesse bactérienne, l’entérotype de l’individu, l’équilibre de la flore intestinale, la répartition des phyla (ou groupes bactériens), la production d’acides gras à chaîne courte, etc…

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Comment peut-on agir sur le microbiote ? 

Du fait de son rôle clé dans le maintien d’un équilibre favorable de l’organisme, le microbiote doit être préservé. L’alimentation constitue un levier majeur pour agir sur sa composition et ainsi en préserver la diversité bactérienne ainsi que son équilibre avec l’organisme. Aujourd’hui, il existe diverses alternatives pour protéger et entretenir le microbiote.

Une alimentation variée et équilibrée 

Tout d’abord, une alimentation variée, équilibrée et particulièrement riche en fibres favorise la diversité bactérienne.  De plus, la consommation de fibres protège contre le risque de maladies cardiovasculaires et de certains cancers comme le cancer colorectal ou de l’œsophage.

Une alimentation riche en prébiotiques 

La consommation de prébiotiques est bénéfique pour l’hôte car ce sont des substances non digestibles qui favorisent le développement et l’activité de bonnes bactéries intestinales. Il existe différentes sources de prébiotiques comme l’inuline, les FOS (fructo-oligosaccharides), les GOS (galacto-oligosaccharides) et les fructanes que l’on peut retrouver dans les légumes (artichaut, brocoli, poireau, tomate…), les légumineuses (haricot rouge, lentille, pois chiches…), les fruits (banane, pomme, fruits secs…), les racines (chicorée, panais, topinambour) ou bien encore dans les oléagineux (amande, noix, pistache).

Une alimentation riche en probiotiques 

Une alimentation contenant des probiotiques permet également d’enrichir le microbiote intestinal. Les probiotiques, quant à eux, sont des micro-organismes vivants qui exercent leurs effets bénéfiques sur l’individu en luttant contre la colonisation de l’intestin par des micro-organismes pathogènes. Parmi les probiotiques, on trouve des bactéries (lactobacilles, bifidobactéries, streptocoques) ou des levures présents dans différents aliments tels que le lait, le kéfir, la choucroute…

Les transplantations fécales 

Enfin, des transplantations fécales peuvent être réalisées par un médecin pour un nombre restreint de pathologies. Elles consistent en l’introduction de selles d’un sujet donneur dans le tube digestif d’un sujet receveur avec pour objectif de reconstruire la flore intestinale altérée. Les transplantations fécales se font sous contrôle médical strict car elles comportent des risques sérieux pour la santé.

Lien entre douleur à l'estomac et microbiote intestinal.

 

En conclusion, le microbiote intestinal constitue un organe à part entière qu’il est indispensable de préserver pour lui permettre de réaliser ses fonctions et de garantir une bonne santé générale. Lorsque le microbiote dysfonctionne, une dysbiose s’installe. Il est aujourd’hui possible de prévenir ce risque de dysbiose en agissant sur certains facteurs comme l’alimentation. Aujourd’hui, l’analyse de microbiote, comme le propose Nahibu, est couramment utilisée pour déceler l’appauvrissement du microbiote intestinal afin d’y remédier au moyen d’un accompagnement nutritionnel personnalisé. Une alimentation variée et équilibrée permet d’entretenir la diversité du microbiote.

Sources : 

Hors-série – Pour la science n° 109. Les vrais pouvoirs des microbiotes sur notre santé. Novembre 2020.

Francisca Joly Gomez, Isabel Gomez Dubest. Bien nourrir notre intestin. Marabout. 2016.

Ting-Chin David Shen. Diet and Gut Microbiota in Health and Disease. 2017.

Daria A. Kashtanova, Anna S. Popenko. Association between the gut microbiota and diet : Fetal life, early childhood, and further life. 2016.

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