Test du microbiote intestinal : métagénomique ou 16S ?

Pour analyser le microbiote intestinal, deux approches de séquençage sont principalement utilisées : le séquençage ciblé du gène 16S et la métagénomique shotgun. Le 16S permet surtout de décrire les grands groupes bactériens présents. La métagénomique shotgun étudie un ensemble beaucoup plus large d’ADN microbien et peut apporter une résolution taxonomique et fonctionnelle plus détaillée. Le bon choix dépend donc de la question posée, du niveau de précision recherché et de la manière dont les résultats seront interprétés.

À retenir : un test du microbiote décrit un échantillon à un instant donné. Il ne permet pas, à lui seul, de diagnostiquer une maladie, d’expliquer l’origine de symptômes ou de remplacer une consultation médicale.

16S ou métagénomique shotgun : quelles différences ?

Critère	Séquençage 16S	Métagénomique shotgun
Principe	Cible une région du gène 16S présente chez les bactéries.	Séquence un ensemble plus large de fragments d’ADN présents dans l’échantillon.
Niveau de détail	Identifie généralement les bactéries au niveau du genre, parfois de l’espèce.	Peut atteindre une résolution plus fine, souvent jusqu’à l’espèce et parfois la souche selon les données disponibles.
Potentiel fonctionnel	Principalement estimé à partir des groupes bactériens détectés.	Peut étudier directement les gènes détectés et leur potentiel fonctionnel.
Coût et volume de données	Plus léger et généralement moins coûteux.	Plus coûteux et plus exigeant en analyse bioinformatique.
Usage pertinent	Vue d’ensemble de la composition bactérienne.	Analyse plus détaillée de la composition et du potentiel fonctionnel.

Une étude comparative publiée dans Scientific Reports montre que les deux méthodes peuvent produire des profils taxonomiques différents et que la métagénomique shotgun fournit généralement davantage d’informations au niveau de l’espèce. Ces résultats ne signifient pas que le 16S est inutile : chaque méthode répond à des objectifs, contraintes et budgets différents.

Que mesure réellement un test du microbiote intestinal ?

Un test du microbiote analyse l’ADN microbien présent dans un échantillon de selles. Il fournit une photographie de la composition microbienne au moment du prélèvement. Selon la méthode et le laboratoire, le rapport peut présenter la diversité, les espèces ou groupes bactériens détectés, leur abondance relative et certaines fonctions potentielles associées aux gènes observés.

Le résultat doit toujours être interprété avec prudence. Le microbiote varie notamment selon l’alimentation, les médicaments, l’âge, le mode de vie et la période du prélèvement. Deux analyses réalisées à des moments différents peuvent donc produire des résultats différents.

Ce qu’un test du microbiote ne peut pas conclure

• Il ne pose pas de diagnostic médical.
• Il ne détermine pas à lui seul la cause de douleurs, ballonnements, constipation ou diarrhée.
• Il ne remplace ni un examen clinique ni les analyses prescrites par un professionnel de santé.
• Il ne prédit pas avec certitude l’apparition d’une maladie.
• Il ne justifie pas l’arrêt d’un traitement ou un changement alimentaire important sans avis professionnel.

En présence de symptômes persistants, de sang dans les selles, d’une perte de poids inexpliquée, de fièvre ou de douleurs importantes, consultez un médecin. Un test du microbiote grand public n’est pas adapté à une situation nécessitant un diagnostic.

Pourquoi Nahibu utilise la métagénomique shotgun

Nahibu a choisi la métagénomique shotgun afin d’obtenir une description détaillée de l’ADN microbien détecté dans l’échantillon. Cette méthode permet d’étudier la composition du microbiote avec une résolution plus fine que le 16S et d’explorer le potentiel fonctionnel suggéré par les gènes observés.

Le rapport Nahibu présente notamment des indicateurs de diversité, les espèces identifiées et des informations sur le potentiel fonctionnel. Ces éléments décrivent le microbiote au moment du prélèvement ; ils ne constituent pas un diagnostic ni une prescription personnalisée.

Que comprend le test du microbiote Nahibu ?

• Un kit de prélèvement à réaliser à domicile.
• Le matériel et les consignes nécessaires au prélèvement.
• L’envoi de l’échantillon au laboratoire selon le protocole fourni.
• Une analyse par séquençage métagénomique shotgun.
• Un rapport scientifique accessible en ligne.
• La livraison du kit et le retour de l’échantillon inclus en France.

Prix : 199 €. Le délai annoncé est de 4 à 8 semaines après réception de l’échantillon au laboratoire. Une consultation facultative avec une diététicienne-nutritionniste peut être proposée séparément pour aider à comprendre le rapport.

Comment choisir un test du microbiote ?

Avant de commander, vérifiez la méthode de séquençage, le niveau de détail du rapport, les limites d’interprétation, le laboratoire chargé de l’analyse, le délai, le prix total et les modalités d’accompagnement. Un prestataire sérieux doit expliquer clairement ce que le test mesure et ce qu’il ne permet pas de conclure.

Demandez également à voir un exemple de rapport. Vous pourrez ainsi vérifier si les résultats sont compréhensibles, si les indicateurs sont expliqués et si les limites scientifiques sont présentées de façon transparente.

FAQ sur les tests du microbiote intestinal

Quel est le meilleur test du microbiote intestinal ? Il n’existe pas de meilleur test dans l’absolu. Pour une analyse détaillée de la composition et du potentiel fonctionnel, la métagénomique shotgun offre généralement davantage d’informations que le 16S. La qualité du prélèvement, de l’analyse bioinformatique et de l’interprétation compte également.

Quelle est la différence entre 16S et métagénomique shotgun ? Le 16S cible un gène bactérien précis et fournit surtout une vue taxonomique générale. La métagénomique shotgun analyse un ensemble plus large d’ADN et peut apporter une résolution taxonomique et fonctionnelle plus fine.

Un test du microbiote peut-il diagnostiquer une maladie ? Non. Il décrit des caractéristiques de l’échantillon analysé, mais ne permet pas à lui seul de diagnostiquer une maladie, d’expliquer des symptômes ou de remplacer une consultation médicale.

Combien coûte le test Nahibu ? Le kit d’analyse du microbiote Nahibu est proposé à 199 €, avec la livraison du kit et le retour de l’échantillon inclus en France.

Quel est le délai pour recevoir les résultats ? Le délai annoncé est de 4 à 8 semaines après la réception de l’échantillon au laboratoire. Il est distinct du délai nécessaire pour recevoir le kit et renvoyer le prélèvement.

Faut-il arrêter un traitement avant le prélèvement ? N’arrêtez jamais un traitement sans avis médical. Certains médicaments, antibiotiques ou compléments peuvent influencer le microbiote ; suivez les consignes du kit et demandez conseil à un professionnel de santé si nécessaire.

Sources scientifiques

• Durazzi F. et al. Comparison between 16S rRNA and shotgun sequencing data for the taxonomic characterization of the gut microbiota. Scientific Reports, 2021.
• Ranjan R. et al. Metagenomics: a path to understanding the gut microbiome.

Article informatif mis à jour en 2026. Les connaissances sur le microbiote évoluent rapidement ; les résultats d’un test doivent être interprétés dans leur contexte et avec prudence.