Nahibu : présentation du kit de prélèvement.

Nahibu : présentation du kit de prélèvement.

par | Jan 20, 2021 | Nahibu, Science

Nahibu : présentation du kit de prévèvement

Le kit d'analyse du microbiote intestinal by Nahibu.

Le kit d’analyse du microbiote intestinal Nahibu.

Le kit Nahibu est un kit de prélèvement de matière fécale utilisable chez soi ne nécessitant aucune intervention médicale. La présentation des éléments ainsi que la méthode de prélèvement est décrite dans un manuel d’utilisation fournis dans la boite du kit Nahibu. Ce dernier est composé de 3 éléments :

Kit de prélèvement et d'analyse du microbiote intestinal - Nahibu

Un tube : 

Un tube avec un bouchon à vis. C’est le tube pour recueillir l’échantillon. Une cuillère en plastique est attachée au couvercle permettant de récolter environ 1g de selle (quantité nécessaire pour le séquençage). Au fond du tube se trouve 4ml de stabilisateur ADN. Ce stabilisateur est le garant de la bonne conservation de l’échantillon à température ambiante.
Il inactive la charge virale et limite la prolifération des champignons et des bactéries.

Kit de prélèvement et d'analyse du microbiote intestinal - Nahibu

Feces Catcher : 

Le Feces Catcher (Stool Trap) est un dispositif de prélèvement d’échantillons de selles hygiénique, facile à utiliser et biodégradable, qui se compose d’un morceau de papier jetable à installer sur le siège des toilettes. Les instructions sont imprimées directement sur chaque récupérateur de matières fécales pour une facilité d’utilisation. En déposant le Feces Catcher sur le siège des toilettes,
l’échantillon est à l’abri des sources possibles de contamination, telles que l’eau de Javel résiduelle, l’urine, etc.

Kit de prélèvement et d'analyse du microbiote intestinal - Nahibu

Shuttlepuch :

Le shuttlepuch est une pochette plastique contenant du papier absorbant. Il permet le transport du tube en toute sécurité et étanchéité. Une fois refermée, en cas d’ouverture du tube ou de fuite de liquide, tout sera absorbé par le papier présent dans la pochette.

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

Tester mon microbiote

Découvrez d’autres articles sur le microbiote.

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

Tester mon microbiote

Nahibu : les étapes pour analyser votre échantillon de selles

Nahibu : les étapes pour analyser votre échantillon de selles

par | Jan 19, 2021 | Nahibu, Science

Nahibu : les étapes d’analyse de votre échantillon de selles

Comment se passe le test de votre prélèvement ? Nahibu analyse les gènes des bactéries contenues dans votre échantillon de selles, ce qui nécessite plusieurs étapes successives réalisées par des techniciens hautement qualifiés et habitués à ce genre de manipulations. Quelles sont ces différentes étapes et pourquoi mes résultats ne sont-ils pas instantanément chargés sur la plateforme de résultats à réception de mon échantillon ?

Les étapes de l'analyse de votre microbiote intestinal.

1) Réception de votre échantillon de selles

À la réception de l’échantillon par Nahibu, un premier contrôle qualité de ce dernier est effectué.

 Il partira ensuite en séquençage dans notre laboratoire partenaire.

2) L’extraction d’ADN

Ensuite, l’ADN bactérien est extrait dans un laboratoire dédié à cette opération en suivant un protocole délicat. En effet, les manipulations sont effectuées avec un grand soin dans un espace dédié pour ne pas contaminer l’échantillon avec de l’ADN provenant de sources extérieures. Cette étape cruciale nécessite la plus grande précision car elle peut impacter les résultats.

Elle a pour but d’obtenir l’ADN bactérien le plus pur en quantité suffisante pour être séquencé. Le protocole est une succession d’étapes avec différentes solutions et des étapes de centrifugation. A l’issue de l’extraction, un contrôle qualité est à nouveau effectué pour être sûr qu’il y a assez d’ADN pour fournir des résultats fiables.

Etape d'analyse de votre microbiote - Nahibu

3) La préparation des librairies d’ADN

L’ADN ne peut pas être séquencé tel quel. Il est donc fragmenté et des librairies d’ADN sont préparées (une librairie pour chaque échantillon), ce qui dure plusieurs jours.

Cette étape a pour but d’obtenir des fragments de tailles homogènes avec des adaptateurs à leurs extrémités pour garantir une bonne analyse. A l’issue de la préparation des librairies, on procède à un contrôle qualité et à leur normalisation.

4) Le séquençage 

Puis vient le séquençage des fragments d’ADN. Cette étape utilise des machines high-tech, appelé séquenceurs, qui identifient les nucléotides présents sur les brins d’ADN.

Les nucléotides sont les éléments de base qui constituent l’ADN ou l’ARN. Ils sont de quatre types pour l’ADN : A, C, G ou T. Le séquençage et la préparation de librairies sont effectués par des personnes qualifiées et entraînées à ces manipulations. Les protocoles sont longs, complexes et il faut y être habitué pour les suivre correctement.

À l’issue du séquençage, on obtient alors des séquences d’ADN, c’est-à-dire l’enchaînement des différents nucléotides. Les nucléotides peuvent être comparés à des mots, dont l’enchaînement forme des phrases, les séquences. La signification des phrases peut s’apparenter aux gènes.

Etape d'analyse de votre échantillon de selle et du microbiote - Nahibu

5) L’interprétation des résultats

Une fois l’échantillon séquencé, on obtient des données sous forme brute : une suite de A, T, C ou G constituant des morceaux (on parle de lectures, ou reads) du métagénome du microbiote. Ces données sont sur des fichiers pouvant peser plusieurs Gigaoctets.

Une pré-analyse est réalisée afin, encore une fois, de contrôler la qualité du séquençage. Si le contrôle est validé, l’analyse se poursuit. Elle permet de donner du sens à ces fichiers de résultats par traitement bio-informatique, ou analyse de données. Cela consiste en une succession d’étapes qui prennent plusieurs jours pour finalement parvenir à la cartographie du microbiote et son interprétation sous forme fonctionnelle.

À partir des gènes identifiés, nous déterminons les espèces présentes dans votre microbiote ; c’est ce qu’on appelle l’analyse taxonomique. Pour cette étape, nous faisons appel à différent logiciels utilisés couramment en analyse métagénomique. Les résultats de ces logiciels nous permettent de calculer la richesse (le nombre d’espèces différentes présentes) ainsi que l’entérotype (le « type » de bactéries le mieux représenté dans votre microbiote).

Chez Nahibu, nous ne nous arrêtons pas à l’établissement de la liste des bactéries détectées dans votre échantillon. Nous regroupons les gènes présents dans le microbiote en grandes familles fonctionnelles appelés « modules fonctionnels » selon leur impact sur les voies métaboliques de l’organisme. Ceci permet d’expliquer https://nahibu.com/microbiote-intestinal/ et ainsi de connaître ses potentielles forces et faiblesses.

Résultats de l'analyse de votre échantillon de selle et du microbiote intestinal - NAHIBU

6) Réception de vos résultats d’analyse

Une fois toutes ces étapes accomplies, vos résultats sont disponibles dans votre espace personnel Nahibu sous la forme d’un rapport avec la cartographie de votre microbiote et l’analyse fonctionnelle de celui-ci.

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

Tester mon microbiote

Découvrez d’autres articles sur le microbiote.

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

Tester mon microbiote
La diversité du microbiote intestinal : un indicateur clé de votre état de santé ?

La diversité du microbiote intestinal : un indicateur clé de votre état de santé ?

par | Jan 8, 2021 | Science

La diversité du microbiote intestinal : un indicateur clé de votre état de santé

Qu’est-ce que la diversité du microbiote ?

La diversité exprime le nombre d’espèces de bactéries présentes dans votre intestin. Ces espèces peuvent être actives ou non. Une diversité bactérienne importante est souvent associée au bon fonctionnement de l’organisme et aide à rester en bonne santé. La diversité du microbiote permet notamment d’améliorer le système immunitaire et d’éviter les agressions d’agents pathogènes.

Pourquoi tester la diversité de son microbiote ?

Une faible diversité du microbiote intestinal représente d’après Stanislav Dusko Ehrlich, Professeur émérite de microbiologie à l’INRA, une menace pour la santé : 

« Les études scientifiques récentes s’accordent sur une perte de la biodiversité du microbiome intestinal dans les pays industrialisés, menaçant également ceux qui sont en passe de le devenir.

Chez les individus en bonne santé, elle est associée au risque de développer des maladies chroniques graves, comme le diabète, les maladies hépatiques, cardiovasculaires et même certains types de cancer. » Mais également l’asthme, les allergies, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, l’autisme et d’autres troubles mentaux

L’analyse du microbiote intestinal pour mettre en évidence sa diversité.

L’analyse du microbiote proposée par Nahibu met en évidence la perte de diversité, le premier pas indispensable pour la combattre, de préférence par une nutrition appropriée aux personnes à risque.

Elle pose ainsi la base pour contrecarrer ce fléau largement inconnu qui nous menace tous. L’analyse du microbiote intestinal proposée par Nahibu met en avant les points forts et les points faibles de chacun, afin d’agir positivement dessus grâce à des conseils alimentaires.

En adaptant son alimentation à la singularité de son microbiote et à ses besoins, on peut significativement améliorer certains troubles digestifs, réguler son poids, prévenir de certaines maladies et renforcer son système immunitaire

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

Tester mon microbiote

Découvrez d’autres articles sur le microbiote.

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

Tester mon microbiote
Comprendre son rapport d’analyse du microbiote intestinal

Comprendre son rapport d’analyse du microbiote intestinal

par | Déc 12, 2020 | Nahibu, Science

Comprendre le rapport d’analyse Nahibu

Pour chaque analyse, l’utilisateur a la possibilité de télécharger un résumé au format PDF. Ce rapport simplifié issu de la plateforme digitale Nahibu a été conçu par des experts du microbiote intestinal afin de faciliter sa lecture auprès des professionnels de santé. Il est composé de deux grandes parties.

Introduction du rapport d’analyse Nahibu

Une présentation générale de Nahibu, nos objectifs ainsi qu’une description brève de ce qu’est le microbiote intestinal.

Une description de comment les résultats ont été générés. Pour le rapport, l’utilisateur est automatiquement comparé à la cohorte dite saine de Nahibu. Celle-ci se compose des individus n’ayant déclaré aucune maladie chronique diagnostiquée ou aucun trouble digestif.

La présentation des 3 catégories de résultats : Optimal, Courant et Améliorable. Ces résultats sont obtenus en comparant la valeur obtenue par l’utilisateur avec celle de la cohorte saine (ordonnée). Ainsi un résultat “Améliorable” est un résultat se trouvant dans les 5% de valeurs les plus extrêmes (entre 0 et le 5eme percentile, et au-dessus du 95eme percentile). La valeur est “Courant” quand elle se trouve dans les 20% de valeurs les plus extrêmes de la cohorte (entre le 5eme et 25eme percentile, et entre le 75eme et 95eme percentile). Enfin le résultat est optimal quand il se trouve dans les valeurs présente à plus ou moins 25% de la médiane (entre le 25eme et le 75eme percentile).

Les informations générales sur l’utilisateur. Celles-ci sont extraites du questionnaire préalablement rempli par l’utilisateur et permet de visualiser les informations nécessaires pour appréhender le mode de vie, les antécédents médicaux et le mode alimentaire de l’utilisateur.

Les résultats de l’analyse du microbiote intestinal

Richesse

Il s’agit du nombre de bactéries détectées dans l’analyse, métrique essentielle pour l’évaluation d’une bonne santé. En effet, de nombreuses études montrent que la diminution de la diversité peut avoir un impact sur notre santé. Ainsi, plus nous consommons de fibres, et des fibres différentes, mieux c’est pour la diversité de notre microbiote intestinal et notre santé. 

L’entérotype

L’objectif des entérotypes est de proposer une stratification des individus basée sur leur microbiote intestinal en un nombre de groupes restreint, chaque groupe étant dirigé par un genre bactérien. Au contraire des groupes sanguins, les entérotypes n’ont pas de frontière claire. Selon les individus étudiés et les méthodes employées, ce nombre de groupe est variable allant généralement de deux à quatre. Les deux entérotypes les plus robustes, car retrouvés dans la majorité des analyses, semblent être Prevotella et Bacteroides. Le troisième groupe défini à l’origine, Ruminococcus, peut en fonction des études être fusionné à l’un des deux premiers ou être remplacé par un autre groupe. L’entérotype Bacteroides, associé à un régime riche en graisses animales, est dominant dans le monde occidental, alors que l’entérotype Prevotella est plus prévalent dans les sociétés rurales avec des régimes riches en fibres. Si un régime sur le court terme (inférieur à un mois) ne permet pas à un individu de changer d’entérotype, il n’est pas encore clair si les régimes sur le long terme peuvent influer les entérotypes.

L’équilibre intestinal

Il mesure la présence ou non d’une dysbiose au sein du microbiote. La dysbiose, en opposition avec l’eubiose, est un terme désignant un microbiote altéré dont la composition est déséquilibrée. La dysbiose du microbiote intestinal se caractérise par une diminution de la richesse de la diversité microbienne, une baisse de l’abondance du phylum Firmicutes au profit des Bacteroidetes, et une augmentation de l’abondance d’espèces potentiellement pathogènes.

La répartition des phylas

Plus de 1000 bactéries présentes dans le microbiote intestinal ont été identifiées. Elles sont classées en groupes à différents niveaux de précision, parmi eux les phylas. Dans le microbiote intestinal, les phylas les plus abondants qui constituent environ 90% du microbiote intestinal adulte sont au nombre de 3 : Firmicutes, Bacteroidetes et Actinobacteria. Il existe d’autres phylas moins abondants comme les Proteobacteria et les Verrucomicrobia par exemple.

phylum Microbiote Intestinal

La liste des genres et bactéries détectées

Il s’agit d’une sélection faite par Nahibu sur les genres et bactéries d’intérêts basée sur la littérature scientifique. Cette sélection comprend 4 genres d’intérêts (Bifidobacterium, Dialister, Coprococcus, Lactobacillus) et 11 bactéries d’intérets (Akkermansia muciniphila, Faecalibacterium prausnitzii, [Eubacterium] hallii, Bacteroides thetaiotaomicron, Barnesiella intestinihominis, Bifidobacterium longum, Bilophila wadsworthia, Clostridioides difficile, Roseburia intestinalis, [Ruminococcus] gnavus, Veillonella atypica).

La production d’acide gras à chaîne courte (AGCC)

La production d’AGCC est stimulée par la dégradation des fibres par les bactéries du microbiote intestinal. Ces AGCC sont absorbés par notre organisme et plusieurs effets bénéfiques sur la santé ont été décrits : source d’énergie pour les cellules du côlon, renforcement de la barrière intestinale et du système immunitaire, amélioration du transit dans le côlon, effet sur le cholestérol et la glycémie, réduction de l’inflammation, régulation de l’appétit, prévention contre l’obésité et le cancer colorectal par exemple.

Ils exercent donc un effet protecteur vis-à-vis des pathologies du colon. La quantité d’AGCC varie et leur production peut être augmentée en consommant des aliments riches en probiotiques et fibres. Les trois principaux AGCC sont le butyrate, l’acétate et le propionate.

L’analyse du potentiel fonctionnel du microbiote

L’analyse du microbiote intestinal de Nahibu reposant sur la quantification des gènes bactériens détectés dans l’ADN extrait d’un échantillon de selle, permet d’extrapoler son potentiel fonctionnel.

Ainsi dans le rapport PDF, sont reportées les informations sur la qualité nutritionnelle des apports, leur diversité, l’apport en prébiotique et le niveau d’inflammation intestinale. Toutes ces informations sont mesurées par rapport à la cohorte saine de Nahibu. De plus, l’analyse du potentiel fonctionnel du microbiote contient une partie sur la tolérance et intolérance des bactéries face à différents sucres complexes (FODMAP).

systeme immunitaire shido Nahibu

La table d’abondance

En annexe se trouve la liste des bactéries détectées présentes de manière significative et caractérisée (>0,01%) dans l’échantillon. Pour chacune d’elles, on trouve les indications d’appartenance et l’abondance relative en % par rapport à l’ensemble des bactéries détectées dans le microbiote.

Découvrez d’autres articles sur le microbiote.

Top des aliments riches en antioxydants

Top des aliments riches en antioxydants

Juil 2021

Les antioxydants protègent l’organisme des radicaux libres. Ils captent les radicaux libres et réduisent les dommages qu’ils causent sur l’organisme.

Prenez soin de votre microbiote avec Nahibu.

Tester mon microbiote