Quelle est la meilleure analyse pour le microbiote intestinal ?

Quelle est la meilleure analyse du microbiote intestinal ?  

L’étude du microbiote intestinal Nahibu se fait par métagénomique. C’est une technique de séquençage de l’ADN issu d’échantillons complexes comme des prélèvements de sols, d’air ou de selles. En métagénomique, les organismes (les bactéries dans le cadre de l’analyse du microbiote Nahibu) sont étudiés dans leur environnement, sans passer par une étape de mise en culture, comme en microbiologie classique.

C’est le développement de cette technique qui a permis de découvrir de nombreuses bactéries incultivables en laboratoire, et donc d’approfondir notre connaissance du microbiote intestinal. Pour en savoir plus sur le microbiote, cet organe encore méconnu, cliquez ici.

Quelles sont les méthodes d’études du microbiote ?

Il existe deux grandes méthodes d’étude du microbiote intestinal : la métagénomique shotgun et le séquençage de l’ARN 16S. Pourquoi ne pas simplement cultiver les bactéries comme dans un laboratoire de microbiologie traditionnel et observer ce qui pousse pour étudier notre flore intestinale ? De nombreuses bactéries de l’intestin ne peuvent pas vivre dans notre environnement, elles sont habituées à croître sans oxygène. De plus, nous possédons environ 100 000 milliards de bactéries dans notre organisme, imaginez la surface nécessaire pour cultiver toutes ces bactéries ! Il y a aussi des centaines d’espèces de bactéries qui nécessitent chacune des conditions bien particulières. C’est pour cela que pour étudier les bactéries du microbiote intestinal, on analyse leur ADN pour ensuite pouvoir identifier à quelle bactérie il appartient, et donc lister, après analyse de tout l’ADN d’un échantillon, la liste des bactéries présentes.

Les tests fécaux ciblés ou respiratoires n’étudient pas le microbiote dans sa globalité

D’autres techniques mesurent uniquement certains paramètres dans les selles mais ne séquencent pas les gènes du microbiote. Ce sont des techniques qui vont évaluer certains marqueurs spécifiques comme la calprotectine, ou d’autres composés présents dans les fèces. Ils peuvent également cibler certaines bactéries spécifiques qui sont mises en culture dans des laboratoires de microbiologie pour en détecter la présence. Ceci ne nécessite pas une étape de séquençage et ne permet pas de comprendre la composition totale de la flore intestinale car ils étudient uniquement des marqueurs ou bactéries particulières et non pas cet organe dans sa globalité.

Il existe également des tests respiratoires qui permettent de mesurer l’expiration d’un ou plusieurs gaz avant et après ingestion d’une collation sucrée. Le but est d’évaluer la production de gaz par l’organisme toutefois, ils ne permettent pas d’étudier la composition bactérienne du microbiote intestinal car les bactéries intestinales sont présentes dans l’estomac et l’intestin et non pas dans les gaz expirés.

Malgré les dénominations « test du microbiote » de certains tests fécaux ciblés ou tests respiratoires, ils ne permettent pas une analyse complète de la composition du microbiote intestinal, composé de centaines d’espèces de bactéries différentes. Seule la métagénomique fournit une description complète et précise de la composition bactérienne de notre flore.

Qu’est-ce que l’ARN 16S ?

Le séquençage de l’ARN 16S étudie un gène présent chez toutes les bactéries, celui de l’ARN 16S. Ce gène est différent selon les genres bactériens ; cette technique permet donc d’identifier la composition bactérienne d’un échantillon en décrivant principalement les genres qui le composent.

Qu’est-ce que la métagénomique ?

La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d’étude globale du contenu génétique d’un échantillon dans un environnement complexe, comme celui de l’intestin. Elle permet d’analyser tous les gènes présents dans l’échantillon.

Pourquoi choisir une analyse en métagénomique shotgun ?

La métagénomique shotgun, technique choisie par Nahibu, permet d’étudier l’ADN de toutes les bactéries présentes dans l’échantillon, sans biais. Cliquez ici pour connaître les étapes de l’analyse Nahibu.
Ainsi, lors de la remise des résultats, les utilisateurs obtiennent des indicateurs-clés tels que la diversité ou l’état d’équilibre du microbiote intestinal, une cartographie complète et précise, ainsi que le potentiel fonctionnel du microbiote. Le potentiel fonctionnel explique le rôle que les bactéries détectées ont sur notre corps. Toutefois, on parle de potentiel car la métagénomique analyse l’ADN des bactéries, or tout l’ADN ne « s’exprime » pas constamment, une partie reste silencieuse et ne sera donc pas active.

La métagénomique ciblée sur l’ARN 16S n’est pas de la métagénomique stricto senso, mais de la métagénétique car elle n’analyse pas l’ensemble des gènes de l’échantillon mais seulement une partie. En effet, elle cible uniquement le gène de l’ARN 16S des bactéries.

Une description plus précise des bactéries

Un des avantages de la métagénomique shotgun est qu’elle décrit de manière bien plus précise les bactéries présentes dans un échantillon.
La taxonomie est la pratique de la classification des organismes. C’est elle qui permet de nommer et classer les bactéries. La métagénomique shotgun a une meilleure résolution taxonomique, c’est-à-dire qu’elle définit les bactéries plus précisément que d’autres approches ; la métagénomique shotgun peut en effet caractériser les bactéries au niveau de l’espèce, voire de la souche, tandis que le 16S ne décrit qu’au niveau du genre, plus rarement de l’espèce.

Or, des souches de bactéries différentes ont des fonctions différentes, il est donc important de mesurer ces subtilités.

Le rôle potentiel du microbiote révélé par métagénomique shotgun

De plus, la métagénomique shotgun permet de décrire l’ensemble du métagénome et donc d’expliquer le fonctionnement global du microbiote. On peut ainsi extraire le potentiel fonctionnel du microbiote, ce qui est impossible avec une approche utilisant le 16S. Le potentiel fonctionnel est la façon dont le microbiote peut hypothétiquement agir sur notre métabolisme et les fonctions de notre organisme. On peut imaginer le potentiel fonctionnel comme le rôle de chaque personne au sein d’une maisonnée : ménage, réparation, cuisine, courses etc. Le potentiel fonctionnel permet de comprendre le rôle de chaque bactérie et sur quelle « tâche » le microbiote d’un individu va pouvoir être compétent ou pas.

Chez Nahibu, nous pensons que vous fournir une liste des bactéries détectées dans un échantillon n’est pas suffisant pour vous permettre de comprendre le rôle que joue votre microbiote, et d’identifier ses forces et faiblesses potentielles. Nous avons pris le parti qu’une analyse du microbiote s’inscrit dans une démarche de découverte et d’avancée vers le bien-être. C’est pour cette raison que nous analysons vos échantillons grâce à la métagénomique shotgun, une approche fiable, complète et non-biaisée, qui permet de révéler le potentiel fonctionnel de votre flore intestinale. En savoir plus sur la fiabilité de notre test. 

Les résultats du potentiel fonctionnel Nahibu sont présentés en catégories avec un score sur chaque fonction. Cela vous permet de visualiser de manière claire et précise sur quelle fonction votre microbiote a un fort ou faible potentiel.

Ensuite, comment agir et booster ces fonctions ? Des aliments ou compléments vous sont recommandés de manière personnalisée pour améliorer vos scores.

La métagénomique shotgun est une technique plus coûteuse que le 16S car elle est globale, ce qui génère des fichiers plus longs à analyser, mais également des résultats bien plus complets, une liste d’abondance des bactéries plus précise, et une explication du potentiel fonctionnel du microbiote, qui vous permet de comprendre son rôle sur votre organisme.

En conclusion, l’analyse Nahibu par métagénomique shotgun vous fournit une vue globale, précise, facilement compréhensible et non-biaisée de votre microbiote intestinal pour améliorer votre bien-être !

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