🦠 Glossaire du microbiote

Les grandes définitions du microbiote

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons, protistes…) vivant dans un écosystème donné. Le microbiote intestinal regroupe les micro-organismes résidant dans l’intestin. Le microbiote intestinal était autrefois appelé flore intestinale.

Qu’est-ce que l’ADN (Acide Désoxyribonucléique) ?

Molécule composée de deux chaînes de polynucléotides qui s’enroulent pour former une hélice. L’ADN code les instructions génétiques pour le développement, la croissance, le fonctionnement et la reproduction de tous les organismes et de nombreux virus.

Qu’est-ce qu’une bactérie ?

Micro-organisme formé d’une seule cellule, sans noyau, à structure très simple, considéré comme ni animal ni végétal.

Qu’est-ce qu’une dysbiose ?

Déséquilibre du microbiote intestinal. Par exemple, des espèces dominantes peuvent être en quantité très réduite tandis que des espèces dominées peuvent prendre la place laissée vacante.

Qu’est-ce qu’une eubiose ?

Etat d’équilibre du microbiote, à l’opposé de la dysbiose.

Qu’est-ce qu’un entérotype ?

Classification des organismes selon la composition bactérienne intestinale. Il en existe trois distincts : Bacteroides, Prevotella et Ruminococcus. L’entérotype n’est pas influencé par le genre, l’âge ou le poids mais il semblerait que l’alimentation à long terme le modulerait.

Qu’est-ce qu’un gène ?

Séquence de nucléotides dans l’ADN conditionnant la synthèse d’une ou de plusieurs protéines et, donc, la manifestation et la transmission d’un caractère héréditaire déterminé.

Qu’est-ce qu’un génome ?

C’est l’ensemble des gènes d’une espèce ou d’un individu.

Qu’est ce que la métagénomique  ?

Méthode d’étude du contenu génétique d’échantillons issus d’environnements complexes (intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire). Permet une description génomique du contenu de l’échantillon, mais aussi un aperçu du potentiel fonctionnel d’un environnement.

Qu’est-ce que le microbiome ?

Génome (ensemble des données génétiques) d’un microbiote.

Qu’est-ce qu’un phylum (phyla au pluriel) ?

Aussi appelé embranchement, c’est le deuxième niveau de classification classique des espèces vivantes, inférieur au domaine. Sous le phylum, on peut classifier les bactéries par Classe, Ordre, Famille, Genre, Espèce et Souche.

Qu’est-ce la richesse microbienne ?

C’est la diversité des groupes présents dans le microbiote, quelle que soit l’abondance de chaque groupe. Plus un microbiote est riche, meilleure est sa santé.

Qu’est-ce qu’un séquençage ?

Consiste à déterminer l’ordre d’enchaînement des nucléotides, aussi appelé séquence, pour un fragment d’ADN donné.

AGCC ou acides gras à chaîne courte :

Composés produits par le microbiote intestinal suite à la fermentation des fibres alimentaires. Les AGCC sont actifs sur le corps et exercent des effets généralement bénéfiques comme la régulation de l’inflammation.

Antioxydant :

Composé qui empêche l’oxydation de certaines molécules. L’organisme possède un système d’antioxydants et d’enzymes qui empêchent la détérioration des composants des cellules comme l’ADN, les protéines et les lipides.

Cohorte :

Groupe de personnes. La cohorte Nahibu regroupe l’ensemble des utilisateurs.

FODMAP :

C’est un acronyme anglais signifiant « fermentable oligo-, di-, monosaccharides and polyols ». Ce sont des sucres fermentescibles très peu absorbés dans l’intestin grêle qui peuvent causer des symptômes chez les personnes souffrant du syndrome du côlon irritable.

Pipeline bio-informatique  :

Enchaînement d’étapes informatiques qui permettent de donner du sens à un fichier de séquençage.

Potentiel fonctionnel :

Implication potentielle des bactéries du microbiote intestinal sur le fonctionnement de l’organisme. On parle de « potentiel » car l’analyse est basée sur l’ADN, or certains gènes peuvent rester silencieux, ou inactifs.

Probiotique :

Micro-organisme vivant (bactérie ou levure, notamment ferment lactique) qui, ingéré en quantité suffisante, a un effet bénéfique sur la santé.

Richesse :

Diversité des groupes présents dans le microbiote, quelle que soit l’abondance de chaque groupe. Plus un microbiote est riche, meilleure est sa santé.

Taxonomie :

Classification des bactéries selon le phylum, la classe, l’ordre, la famille, le genre, l’espèce et la souche.